９月６日未明、北海道を襲った北海道胆振東部地震では、道内のほぼ全域で停電が発生し、電話もメールもつながらなかったが、翌日から徐々に回復。教会の被害状況も明らかになってきた。以下は７日時点の状況。
　札幌市東区のインマヌエル札幌キリスト教会（渡辺昇牧師）は、「ピアノが動き、本棚が倒れてガラスが割れ、棚が倒れるなどの被害が出た。信徒に被害はなかった」、液状化の被害が広がる清田区の単立シオンの群れ美しが丘グリーンチャペル（佐藤佳治牧師）は「人的被害はなし」、白石区の札幌聖書キリスト教会（八尋勝牧師）は「今日になっても場所によって停電が続いている。北海道聖書学院は通常どおり授業を行っている」と報告。八尋氏は「自然界のうめきを聞き、福音宣教に励まなければならないと思った」と語った。
　北区の北海道クリスチャンセンターでは「水道、電気は普及した。断水中は給水所に行って水を汲み、トイレの水を流した。宿泊は満室だが、研修室はキャンセルが続いている」、中央区のオアシス札幌店は「被害はほとんどないことを確認したが、お店はしばらく臨時休業になる」と言う。
　震源地から比較的近い場所にあるウェスレアン・追分めぐみチャペル（菅原ひかり牧師）は、岡田順一牧師（札幌新生キリスト教会）によれば「会堂は大丈夫だが内部がぐちゃぐちゃで、壁にだいぶひびも入っている。菅原牧師は現在、車中で生活している」、千歳市北栄のＪＥＣＡ･千歳福音キリスト教会は、信徒の伊沢勲氏によれば「内部ではいろいろな物が落ち、壁が崩れ、タイルがはがれ、掲示物が落ちているが、大丈夫」という。
　日本同盟基督教団・災害連絡室は「登別中央福音教会、富川福音教会で教会堂及び牧師館で家具倒壊、食器散乱がある。富川福音教会では牧師家族が教会１階部分にある牧師館から駐車場の車へ避難した」と報告した。