菅内閣総理大臣による日本学術会議委員候補６人任命拒否について、戦時中にホーリネス弾圧を経験した歴史を有する、日本ホーリネス教団は、教団委員長（島津吉成）と福音による和解委員会委員長（ 平野信二 ）連名で抗議声明を発表。
靖国神社秋季例大祭に際し、菅内閣総理大臣と数人の国務大臣が真榊奉納した。戦前の反省とアジアへの戦争責任を求める立場から、奉納前に日本キリスト教協議会靖国神社問題委員会（星出卓也委員長）は取りやめを要求する声明を、奉納後には靖国神社国営化阻止キリスト者グループ（浦瀬佑司委員長）が抗議声明を発表した。