日本キリスト教協議会（NCC、金性済総幹事）は１０月７日、「日本学術会議の人事問題への介入に抗議し、その撤回を要望します」という声明を、菅義偉内閣総理大臣宛に発表した。
声明では、日本学術会議が新会員として推薦した１０人中、６人が菅首相によって任命されず除外されていること、そのことに対して日本学術会議がその理由と根拠の開示を求める要望書を題したにもかかわらず、いまだその要望に応えられていないことに強く抗議。日本学術会議の独立性は、かつて明治憲法に基づく国家神道と大政翼賛体制の下で学問の自由が脅かされた歴史の反省に立脚する日本国憲法第23条（「学問の自由」）によって裏付けられており、「それが侵害される事態を黙認してしまうことは、信教の自由や政教分離の危機と密接に関連している」と懸念。「この度の菅首相による、日本学術会議の人事問題介入は、法違反であると同時に、憲法の精神に違反する」とし、６人の学者を除外したことを速やかに撤回することを、強く要望した。

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